sø

Omkring halvdelen af de større danske søer er lavvandede med en middeldybde på under 1,6 m. Her dannes intet temperaturspringlag om sommeren i modsætning til i de dybe søer, hvor de øverste vandlag opvarmes, mens bundvandet forbliver køligt (se springlag). I lavvandede søer blandes vandmasserne til stadighed, og søbundens overflade er for det meste iltet. Det har afgørende betydning for stofomsætningen og primærproduktionen af planter og alger, som skal bruge kvælstof (nitrat eller ammonium) og fosfor (fosfat) for at vokse og formere sig. Når planktonalgerne dør og synker ned på søbunden, følger kvælstoffet og fosforen med og frigøres i forbindelse med nedbrydningen. Er bundens overflade iltet, bindes det frigjorte fosfor især til jernforbindelser. Hvis iltindholdet senere falder, frigives fosfor atter til vandet ovenover og sikrer algerne en ny forsyning af fosfor.

Søernes dyreliv er fattigere end havets; fx findes ingen pighuder og kun få arter af polypdyr. Af de ca. 19.000 fiskearter lever kun ca. 7000 i ferskvand. Sammenlignet med havet er søerne unge, små og indbyrdes isolerede, og muligheden for at udvikle nye dyrearter har derfor ikke været lige så gunstig. Naturlige søer er skabt ved voldsomme begivenheder som nedisninger og forskydninger i jordskorpen. Verdens ældste sø, Bajkalsøen, er ca. 70 mio. år gammel, mens søerne i Nordamerika og Nordeuropa blev skabt for kun 10.000-12.000 år siden, efter at indlandsisen smeltede bort.

Søernes plante- og dyreliv er knyttet til bredzonen, de frie vandmasser (pelagialet), søbunden på det lave vand (littoralzonen) og på det dybe (profundalzonen). Ved bredden vokser sumpplanter som fx tagrør og dunhammer. De har hulrum i stænglen, så ilten let kan trænge ned til jordstængler og rødder i bundens iltfattige mudder. I littoralzonen vokser vandplanter, bl.a. vandaks, og flydebladsplanter, fx åkande. Sten, sandskorn, mudder og planternes stængler og blade er bevokset med mikroskopiske alger, især kiselalger, grønalger og blågrønalger (perifyton).

Den lavvandede littoralzone byder på flere levesteder end den ensartede mudderbund på større vanddybde. I littoralzonen kan der være mere end 400 arter af smådyr, især børsteorme, muslinger, snegle, krebsdyr og insekter. Nede i mørket på den dybe mudderbund, der periodevis kan være iltfattig, lever derimod kun nogle få specialiserede arter som visse myggelarver og børsteorme, der vha. hæmoglobin kan udnytte den smule ilt, der er.

De frie vandmassers planteplankton (fytoplankton) består især af kisel-, grøn- og rekylalger samt dinoflagellater. I næringsfattige søer findes ofte mange gulalger og særlige desmidiacéer, mens der i næringsrige søer kan være store mængder af blågrønalger om sommeren. Nogle blågrønalger indeholder små luftblærer, så de kan holde sig oppe ved vandoverfladen, hvor de kan danne vandblomst (se algeopblomstring). Planteplanktonet er føde for dyreplankton, især hjuldyr, dafnier og vandlopper. Dyreplanktonet ernærer fredfisk som skalle, brasen og små aborrer. De efterstræbes af rovfisk som gedde, sandart, ørred og store aborrer. Planteplanktonet er det første led i de frie vandmassers græsningsfødekæder. Men en del af det organiske stof, som planktonalgerne opbygger, optages ikke i fødekæden og danner i stedet grundlag for detritusfødekæder, hvor bakterier ernærer sig af de udskilte stoffer og er føde for flagellater, ciliater, hjuldyr og dafnier.

I den lavvandede og næringsfattige midtjyske Kalgaard Sø er den samlede årlige nettoprimærproduktion ca. 45 g kulstof pr. m² søoverflade. Her producerer planteplanktonet og vandplanterne hver halvdelen. I den store og dybe, næringsrige Esrum Sø er planteplankton derimod ansvarlig for næsten hele produktionen på ca. 240 g pr. m². Den største produktion af planktonalger finder man i lavvandede, næringsrige søer, hvor algerne kan producere mere end 1 kg kulstof pr. m². Se også hav (havøkologi) og plankton.

Søer er særlig udsat for forurening fra menneskelige aktiviteter pga. deres ringe størrelse og vandskifte samt placeringen ved byer og i områder med intensivt landbrug. Forureningen kommer især fra spildevand fra huse, dambrug og industrier, udvaskning fra landbruget, affaldspladser og jordbund i søens opland samt fra atmosfæren. Herfra tilføres søerne især organisk materiale, fosfor- og kvælstofforbindelser samt miljøgifte, fx tungmetaller og pesticider.

I søer på kalkfattig klippe- og sandbund er sur nedbør og gødskning med ammonium årsag til forsuring af søvandet. Dette er et stort problem i Norge og Sverige, da søerne kan blive så sure, at hverken fisk eller smådyr kan leve her. Ofte er forsuringen ledsaget af forgiftninger pga. tungmetaller og aluminium, der frigives fra jordpartiklerne, når jordbunden bliver sur. I Danmark neutraliseres det sure vand af kalken i de østdanske morænejorder. Kun i Grane Langsø på den kalkfattige midtjyske sandjord har man registreret en forsuring af søvandet, fra pH 5,6 til pH 5,2.

Den mest omfattende forurening af søer er eutrofiering, der er en følge af den øgede tilførsel af fosfor- og kvælstofforbindelser og manifesterer sig som uklart vand pga. forøget vækst af planktonalger, iltsvind og fiskedød. I Furesøen har man fulgt udviklingen gennem de sidste 100 år. I 1912 var søen klarvandet med en sigtdybde på 5-6 m og en rig flora med mere end 30 arter af store bundplanter og kransnålalger, der voksede ned til 8 m dybde. I 1950 var tilførslen af spildevand øget 8-10 gange, sigtdybden halveret, og vandplanternes dybdegrænse mindre end 5,5 m. I begyndelsen af 1970'erne var tilførslen forøget 30 gange i forhold til 1900. Sigtdybden var kun ca. 2 m, og kun ti arter af de oprindelige vandplanter havde overlevet. Først fra 1975 begyndte man gradvis at nedsætte udledningen af spildevand, og i 2003 indledtes Danmarks største sørestaureringsprojekt med det formål at genskabe søens vandkvalitet og artsrigdom, bl.a. ved iltning gennem en 10-årig periode og opfiskning af fredfisk. Forureningen af de danske søer med spildevand er gradvis blevet nedbragt. I begyndelsen fjernede renseanlæggene kun det organiske stof, men fra slutningen af 1970'erne er anlæggene blevet udbygget med biologisk og kemisk rensning, der også fjerner det meste fosfor og kvælstof.

I Danmark fastlægger kommunerne (tidligere amterne) i regionplanerne miljøkvaliteten for hver enkelt sø og følger udviklingen. Som et led i Vandmiljøplanen iværksattes fra 1989 et supplerende overvågningsprogram, hvor 37 udvalgte søer blev undersøgt nærmere. Fra 1997 til 2003 blev programmet modificeret, så der kun indgik 27 ferskvands- og fire brakvandssøer. Siden 2004 omfatter overvågningen under det nye program NOVANA dels en intensiv overvågning af 23 søer, der undersøges hvert år, dels en ekstensiv overvågning af ca. 1000 søer, der undersøges med tre eller seks års mellemrum (se miljøovervågning).

Vandmiljøplanen fra 1987 og de senere vandmiljøplaner griber ind over for tilførslen af næringssalte via spildevand og gødningsrester fra de dyrkede marker. For de mest forurenede søer er især bidraget fra spildevand nedbragt væsentligt, og miljøkvaliteten forbedret betydelig siden 1989.

Sørestaurering er et kunstigt indgreb i en sø med det formål at fremskynde udviklingen mod en bedre miljøkvalitet. Sørestaureringer foretages især i forsurede og eutrofierede søer.

I forsurede søer tilsætter man ofte kalk, der kan neutralisere syren. Eutrofierede søer har man traditionelt restaureret ved at fjerne bundslammet eller ilte bundvandet. Et af de første restaureringsforsøg, hvor man fjernede bundslam, blev foretaget i den sydsvenske sø Trummen ved Växjö 1970-71. Her pumpede man de øverste 60 cm af søbunden op i et stort bassin ved bredden og fjernede fosfor fra søvandet ved at tilsætte aluminiumsulfat. Allerede under selve restaureringen faldt produktionen af planktonalger med omkring ¹/₃, og sigtdybden blev forøget fra 20 cm til 75 cm. I Brabrand Sø ved Aarhus har man i perioden 1988-95 på samme måde fjernet 500.000 m³ bundslam.

I 1985 begyndte Viborg Amt at give den 31 m dybe Hald Sø "kunstigt åndedræt". Søen var blevet så stærkt eutrofieret, at den enestående bestand af myggelarver var ved at uddø. Gennem 13 år sendte fire dyser hver sommer bobler af ren ilt op gennem bundvandet. Det reddede myggelarverne, der spredte sig over en større del af søbunden, og det forbedrede bundens evne til at binde fosfor, så algevæksten efterhånden blev tæmmet, og sigtdybden forøget med ca. 1 m.

De traditionelle restaureringsmetoder er dog ofte både dyre og hårdhændede, hvorfor man siden slutningen af 1990'erne oftere ændrer i søernes plante- og dyreliv. Se biomanipulation.