Egil Waagner Nielsen blev som underviser en legende i dansk mejeribrug. Det er i høj grad Waagners fortjeneste, at Danmark stadig har en uddannelse til mejeriingeniør, som tiltrækker mange danske og udenlandske studerende til Københavns Universitet og som er efterspurgt både af dansk industri og internationalt. Waagner blev selv uddannet som mejeriingeniør i 1960 efter først at have arbejdet som mejerist ved Øster Tørslev Andelsmejeri ved Randers. Waagner underviste fra 1960 til 1972 ved Mejeriskolen, der i perioden 1879-1972 var en del af Ladelund Landbrugsskole ved Vejen, og han blev senere lektor og i en periode afdelingsleder ved Landbohøjskolen fra 1970 til 2004. Waagner skrev flere lærebøger til brug ved mejeriuddannelserne. Waagners faglige speciale var ostemodning og beskyttelse af starterkulturer til ostefremstilling mod bakteriofager. Waagners omfattende viden om ostefremstilling blev vigtig for især de mindre mejeriers fremstilling af kvalitetsoste. I 1980'erne fremelskede Waagner en bakteriofagresistent syrningskultur ofte benævnt som "Waagner-kulturen". Waagner har været udsendt som FAO konsulent i Libanon, Egypten og Kina. I 2012 modtog Waagner Segelcke medaljen, dansk mejeribrugs fornemmeste hædersbevisning.