Omoto, (japansk, af o 'stor' og moto 'oprindelse, rod'), japansk ny religion med baggrund i shinto. Omoto blev grundlagt i 1892 af Nao Deguchi (1836-1918) og gjort populær af hendes svigersøn Onisaburo Deguchi (1871-1948). Religionen forkynder Jordens undergang, åbenbaret Nao Deguchi af shinto-guden Ushitora no Konjin, som også forkyndte, at der ville komme en messiansk frelser. Omoto blev forfulgt i perioden 1920-45, for ikke at indordne sig under kejserideologien, og er i dag lille med angiveligt 170.000 tilhængere. Den er moderreligion for flere nye religioner i Japan, blandt andet Seicho-no-Ie.