Comayagua, by i det centrale Honduras; 152.100 indb. (2015), landets hovedstad indtil 1880. Byen ligger nordvest for den nuværende hovedstad Tegucigalpa. Den blev grundlagt af spanierne i 1537 og blev bispesæde 1561. Adskillige kirker og verdslige bygninger vidner om byens betydning som hovedstad for provinsen Honduras i kolonitiden. Det antropologiske museum har til huse i den tidligere regeringsbygning. Et af verdens ældste endnu bevarede urværker fra omkring 1200 blev af Philip 3. givet til domkirken i Comayagua, hvor det endnu befinder sig.