Isotopseparator, apparat til adskillelse af de enkelte isotoper af et grundstof. En accelereret ionstråle af et givet grundstof sendes gennem et kraftigt magnetfelt, hvor de forskellige isotoper afbøjes forskelligt pga. deres forskellige masser. Herved fås separate stråler af de enkelte isotoper. Isotopseparatorer benyttedes i det amerikanske atombombeprojekt til adskillelse af uran-235 og uran-238 og er forgængere for vore dages ionimplanteringsmaskiner (se ionimplantering).