Kapsel, (af lat. capsula, dim. af capsa 'æske, gemmested'), velorganiseret lag af stoffer, der hos nogle bakterier aflejres uden på cellevæggen. Kapslen beskytter mod ydre påvirkninger, fx udtørring eller fagocytose (at blive "ædt" af en anden celle). En kapseldannende stamme af Streptococcus pneumonia dræber hurtigt inficerede mus, hvorimod en Streptococcus uden kapsel er uskadelig, da bakterierne elimineres af organismens fagocytter. Kapslen består som oftest af polysaccharider.