Gelfiltrering, filtrering igennem et granulært (kornet) lag af en gel. Denne består af en polymer, der er opbygget som et rumligt gitter med meget små hulrum og snævre passager. Laget er som regel søjleformet, dvs. højt og smalt. Når en vandig opløsning af forskellige stoffer sendes ned igennem søjlen, vil de mindre molekyler kunne trænge ind i gelen, hvorved deres passage forsinkes, mens større molekyler løber uhindret igennem imellem gelkornene. Denne adskillelsesmetode benyttes i bioteknologien, mest i laboratoriet, men også i produktionen.