Funktionsorganisation, organisationsform, som er karakteriseret ved, at organisationens afdelinger indgår i et indre fagligt eller uddannelsesmæssigt fællesskab, en funktion; fx vil man i produktionsvirksomheder kunne skelne mellem købs-, salgs-, produktions- og udviklingsafdelinger. Betegnelsen funktionsorganisation knytter sig til et enkelt niveau i organisationsstrukturen, dvs. at man inden for den enkelte funktion kan finde underafdelinger, som bygger på andre fællesskaber. Funktionsorganisation forveksles ofte med funktionel organisation. Se også divisionalisering og organisationsstruktur.