Endofyt, (af endo- og gr. phyton 'plante'), svamp, der lever i levende væv på overjordiske dele af såvel nåle- som løvtræer. Endofytter gør næppe skade i værtsplanten, men man kender kun lidt til deres liv. Enkelte endofytter, der lever i græsser, græsendofytter, udskiller stofskifteprodukter, som kan være giftige for dyr, fx kvæg.