Wegener, dansk slægt, der føres tilbage til købmand Christian Wegener (1695-1735). Hans sønnesøn sognepræst i Gudbjerg Hans Christian Wegener (1770-1831) var far til bl.a. historikeren C.F. Wegener og Rødding Højskoles første forstander, teologen Johan Wegener (1811-83). Sidstnævntes søn Caspar Wegener (1851-1930) var biskop over Lolland-Falster Stift og første formand for Dansk Kirke i Udlandet.