Nikodim var russisk metropolit af Leningrad fra 1963. Han var leder af den russisk-ortodokse kirkes udenrigsafdeling 1960-1972 og fra 1963 af Den Hellige Synodes kommission for kristen enhed og mellemkirkelige relationer. Han spillede en afgørende rolle i den russiske kirkes åbning mod fælleskirkeligt arbejde (økumeni), klart manifesteret ved optagelsen i Kirkernes Verdensråd i 1961.