Flagskib, det skib i en flåde, eller en større flådestyrke, som den kommanderende oftest en admiral, flagmand, er om bord på, og som derfor fører hans flag (kommandotegn). Skibschefen for et flagskib betegnes flagkaptajn. I handelsflåden anvendes betegnelsen ofte om et rederis største og fineste skib.