Baltflygtninge var flygtninge, der kom til Sverige i 1943-1944 efter Sovjetunionens indmarch i de baltiske lande under 2. Verdenskrig. De udgjorde ca. 30.000 foruden 6800 Estland-svenskere. En lille del af flygtningene blev udvist til USSR i 1946 på trods af skarp kritik af regeringen.